Bei Endometriose kommt es dazu, dass Zysten, Endometriosezellen und Verwachsungen sich zum Beispiel an den Eierstöcken, dem Darm, den Eileitern, der Blase oder auch dem Bauchfell ansiedeln. Es kann aber auch dazukommen, dass sich Endometrioseherde auch außerhalb des Bauchraumes verteilen. In selteneren Fällen kommen Endometrioseherde an der Lunge, dem Zwerchfell oder sogar dem Auge vor. Die sogenannten Endometrioseherde können mit dem weiblichen Zyklus wachsen und bluten und sorgen somit für zyklusabhängige, aber auch zyklusunabhängige Schmerzen. Die Erkrankung wird als gutartig kategorisiert, auch wenn sich Metastasen bilden und bleibende Schäden an Organen die Folge sein können.
Endometrioseherde können für chronische Entzündungen, Verwachsungen und Vernarbungen sorgen. Außerdem ist Unfruchtbarkeit eine häufige Folge der Erkrankung.